Stereo mikroskoper er en gren av andre lysmikroskoper og brukes til å betrakte «3D»-objekter. Disse inkluderer større prøver, som insekter, fjær, blader, steiner, sandkorn, edelstener, mynter og frimerker osv. Funksjonelt er et stereo mikroskop som et kraftig forstørrelsesglass. I motsetning til et sammensatt mikroskop som gir et flatt bilde, gir stereo mikroskoper en tredimensjonal bilde hvor man kan se teksturen til en større prøve.